專家指出，微生物發酵反而會提升食物的營養價值。
首先，微生物發酵提升了蛋白質和礦物質的消化吸收率。中國農業大學的一項研究發現，在發酵成腐乳之后，豆腐中的蛋白質分子被微生物“切割”成了碎片，消化吸收起來容易多了，即便胃腸不好的人也能輕松消化。同時，微生物產生的植酸酶，能把大豆食品中的植酸(一種妨礙礦物質吸收的成分)水解掉，讓大豆中的鐵、鋅等元素更容易被人吸收利用。
同時，微生物在享用蛋白質食品大餐時，也給人類贈送一份禮物，那就是它們額外產生的B族維生素，包括植物性食品里沒有的維生素B12。如果能夠嚴格保證其中不含致病菌和細菌毒素，只是一些無害的腐敗菌把蛋白質分解成肽類和氨基酸，同時贈給人類更多的B族維生素和更易利用的礦物質，反而是有利于健康的。——這也是很多地方的居民制作“臭”食品的原因。
專家指出，實際上現代食品工業生產的發酵食品，包括臭豆腐，都有嚴格的生產工藝，保證不會引入致病菌，也不會產生任何毒素。而且，在烹調加工中，曾經繁榮一時的細菌也已經被全部殺滅掉了，所以無需擔心。
我們現在常吃發酵食品主要有谷物發酵食品、豆類發酵食品和乳類發酵食品。
1、谷物發酵食品
主要有甜面醬及米醋等食品，它們當中富含蘇氨酸等成分，可防止記憶力減退。另外，醋的主要成分是多種氨基酸及礦物質，可達到降低血壓、血糖及膽固醇的作用。谷物發酵食品還包括饅頭、面包、包子、發面餅、酒等。
2、豆類發酵食品
主要有豆瓣醬、醬油、豆豉、腐乳等。發酵的大豆含有豐富的抗血栓成分，它可以有效地溶解血液中的血栓等物，起到預防動脈硬化、降低血壓的作用。豆類發酵之后，能參與維生素K合成，可使骨骼強壯，防止骨質疏松癥的發生，還能分解某些對人體不利的因子，如豆類中的低聚糖、脹氣因子等。
3、乳類發酵食品
主要有酸奶、奶酪等，其所含有的乳酸菌，能抑制腸道腐敗菌的生長，還含有可抑制體內合成膽固醇還原酶的活性物質，又能刺激機體免疫系統，調動機體的積極因素，有效地預防癌癥。酸牛奶還能有效地控制血壓升高，防止動脈硬化，保護心臟。此外，利用乳酸菌來發酵的食品，均可調整腸腔內菌群的平衡，增加腸蠕動，使大便保持通暢，預防大腸癌等的發生。
