三、兩腎有異，開命門學說之端
《三十六難》提出了“兩腎者，非皆腎也，其左者為腎，右者為命門”。命門為生命之門戶，是“諸神精之所舍，原氣之所系也”，具有“男子以藏精，女子以系胞”的重要生理功能，《三十九難》指出“其氣與腎通”。《難經》強調了命門在人體生理上的重要性，開創了命門學說之先河，給后世醫家以很大影響，如薛立齋、孫一奎、張景岳、趙養葵等輩都重視命門，在實踐中進一步發揮了《難經》的有關理論。命門學說為《難經》所首創，后世有關命門部位和其實質的研究探討更活躍了學術空氣，溫補命門法至今仍被廣泛應用于臨床。
四、傷寒有五，承《熱輪》而啟仲景
《素問·熱論》認為：“今夫熱病者，皆傷寒之類也”，把“傷寒”作為外感發熱性疾病的總稱。《五十八難》說：“傷寒有五，有中風，有傷寒，有濕溫，有熱病，有溫病，其所苦各不同”。《難經》此論，把“傷寒”分為廣義、狹義兩種不同概念，指出廣義之傷寒有五種，其病因不同。并以脈象為例，略示了五種傷寒的鑒別要點。本難還提出外感寒熱證有病在皮毛、病在肌肉、病在骨的不同發展階段。
《難經》在《素問·熱論》的影響下，奠定了用汗、下法治療外感熱病的病理基礎，指出了“陽虛陰盛，汗出而愈，下之即死;陽盛陰虛，汗出而死，下之而愈”。王履認為，《難經》此論，為“傷寒汗下樞機”。張仲景在《內經》、《難經》的影響和啟迪下，經過反復的臨床實踐，完成了我國第一部臨床醫學巨著——《傷寒雜病論》。《傷寒論》以六經論傷寒，創立了理、法、方、藥比較系統的辨證施治的方法，至今仍被廣泛應用，有著較高的療效。
五、廣其治則，垂法后世于無窮
《難經》在治則治法方面有許多新的建樹，給后世以很大啟發。如《七十七難》“所謂治未病者，見肝之病，則知肝當傳之于脾，故先實其脾氣，無令得受肝之邪”的肝病實脾之論，《金匱要略》作了進一步的闡發，后世醫家在這一思想的啟發下，根據疾病傳變規律，先安受邪之地，在治療中采用了許多預防性措施，從而發展了《內經》“上工治未病”的理論，豐富了治未病的方法。
《十四難》“治損之法”，提出“損其肺益其氣;損其心者調其營衛;損其脾者調其飲食，適其寒溫;損其肝者緩其中;損其腎者益其精”，發揮了《內經》“虛則補之”之旨，豐富了治療虛損病癥的方法，對臨床具有較高的實用價值，指導著中醫對五臟虛損的治療。又如“瀉南方，補北方”的治則，并不單單施用于針灸，推而廣之，各科皆可應用。仲景黃連阿膠雞子黃湯以及《證治準繩》“瀉南方剛肺金清而東方不實，何脾傷之有?補北方則心火降而西方不虛，何肺熱之有?”即是在這一治則的指導下進一步的發展。
六、敢于創新，豐富了針灸療法
《內經》雖對五臟五俞、六腑六俞做了敘述，但對五俞穴主治病癥未做明確交待。在《六十八難》中總結出：“井主心下滿，滎主身熱，俞主體重節痛，經主喘咳寒熱，合主逆氣而泄”從而分主五臟疾病，盡管尚屬簡略而不全面，但不失為辨證取穴法之一，為后人進一步鉆研五俞穴奠定了良好的基礎。
至于刺法，《內經》中有關針刺手法已較繁多，如以經氣之順逆往來、呼吸出入，而用針鋒之向背等作為迎隨補瀉;但《難經》并不囿于前人的經驗，敢于質疑，提出創見。以本經前后穴位(如手厥陰心包之俞大陵，俞屬土，瀉俞即瀉子;手厥陰井中沖，井屬木，心之母也，針井即補母)作為迎隨補瀉，兩者義雖相近，而方法各殊，使針灸手法得到了充實和發展。特別是提出了“知為針者信其左，不知為針者信其右”的見解，對針灸學的發展有著深遠的影響，對臨床確有重要的指導意義。
蓋一般針灸工作者偏重于刺手(右手)的作用，往往輕視甚至忽視押手(左手)的價值。殊不知左手有爪切、循按、彈弩、候氣、補瀉等功能，對于加快進針，減輕疼痛，促進得氣，提高療效等方面，有不可思議之議之妙。如無豐富的臨床實踐，很難有這樣的體驗。
《難經》的校勘和注釋
《難經》成書既早，年久日深而輾轉相傳，其間脫簡、衍文、錯訛之處在所難免，又兼文辭古奧，義理深邃，讀者探微索隱，自是不無障礙。這就需要進行校勘和注釋。歷代校勘、注釋《難經》者不乏其人，早注釋者為三國之呂廣，唐楊玄操有補注本。其后，宋有丁德用、虞庶、楊康候、周仲立、龐安時、李子野，金元有紀天錫、張元素、袁淳甫，謝縉孫、滑伯仁，明有熊宗立、張世賢、虞天民、馬蒔，清有徐大椿、丁錦、黃坤載、葉霖、周學海等，日本人如名古屋玄醫、丹波元胤氏等也曾注釋《難經》。近人張山雷、孫鼎宜、蔡陸仙、陳璧琉等也進行過這方面的工作。據不完全統計達數十家之多，其中有些注本已經失傳。
學習《難經》選擇較好的注本非常重要，可謂學者之舟楫。
《難經集注》，是明代王九思選撰，集呂廣、楊玄操、丁德用、虞庶、楊康候等人的注釋而成。原書自明以來即已散佚，流傳日本，后由林天瀑依原版用活字排印，收入僑佚存叢書，而各家注釋賴此得存。是現存較早的注本，集各家之論，互相補充，有助于對原文的理解，是學習《難經》 較好的參考書。
