單純幽門螺旋桿菌感染，可使用兩種抗生素聯合治療，使用單一抗生素治療，效果不佳，黃芩、大黃、黃柏、桂枝等中藥對幽門螺旋桿菌也有很好的抑制作用。幽門螺旋桿菌感染引起了胃炎或消化性潰瘍，需要采取三聯或四聯療法治療。

目前臨床上百用的做多的幽門螺桿菌治療方案為三聯療法：胃三聯療法是指膠體鉍劑或者質子泵抑制劑（PPI）+兩種抗生素的治療方法。一般來說三聯用藥時間是一至二周。此外，還可根據病情適當使用胃黏膜保護劑，促進胃排空藥物、抗膽堿類藥物等。